县环境保护局根据其职责划分，内部设立了多个专业职能机构，以确保环保工作的高效执行。以下是详细的机构设置：首先，办公室负责全局的日常行政管理和协调工作，确保各部门间的沟通顺畅和信息流转的准确性。
根据上海市机构编制委员会的文件沪编〔2009〕34号，以及崇明县人民政府的机构改革方案，崇明县设立了一个新的政府工作部门，即崇明县发展和改革委员会。同时，这个委员会还承担了崇明县物价局的职能，实行双重挂靠。
崇明县发展和改革委员会已取消了由市政府公布取消的全部行政审批事项，旨在进一步简化行政程序，降低企业负担，促进市场活力。委员会还取消或停止了由市政府公布取消或停止的行政事业性收费项目。这一举措旨在减轻企业和个人的经济负担，优化营商环境。
县环境保护局内设5个职能科（室）和2个直属事业单位，分别承担不同职责。
县环境保护局设有办公室、污染控制股（自然生态和辐射安全股）、环境影响评价股三个内设机构，分别承担不同职责。办公室主要负责局机关内部管理制度制定、协调日常工作、文秘、档案、信访、保密、会务、财务、政务信息、电子政务、政务公开、社会治安综合治理、机构编制、干部人事、后勤服务和接待等工作。
